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高通量单细胞RNA转录组测序的研究成果

发布时间:2018-10-31 16:30

  高通量单细胞RNA转录组测序的研究成果:
细胞特异性表达基因是促进小鼠β细胞神经元老练不可或缺的转录因子 从研讨的最新进展来看,不难看出,现已对测序技能进行了许多深化的医学研讨,单细胞年纪,如:序列中与ⅱ型糖尿病相关基因的表达形式,单细胞转录组年代,序列,单细胞转录组年纪解心发育之谜,序列研讨,单细胞生物激烈支撑癌细胞假说,测序技能,单细胞生物有助于肿瘤的准确研讨和序列剖析,单细胞生物显现细胞命运是d, 在竞赛中我不知道-是的。今日,其间一个研讨成果被选为供我们详细解说的成果,有爱好的小伙伴能够来看看。
   按顺序,单细胞转录组年纪
 
   断定ⅱ型糖尿病相关基因的表达方式
 
   辨认细胞信号和人体细胞类型
 
   期刊:基因组研讨( if11 )。( 351 )
 
   时刻: 二: 10年。11个单位:美国杰克逊基因组医学实验室
   人体胰腺细胞的组成处于动态平衡不均衡状况,胰腺不同区域的细胞组成差异很大,细胞差异很大。近年来,越来越多的研讨标明,除了发生胰高血糖的α细胞和发生胰岛素的β细胞外,还有一些胰细胞,如delta、gamma和极少数epsilon细胞,它们也起着r效果,糖尿病发病率的重要。但是,传统的分类和浓缩技能并不答应分割胰腺细胞类型。该研讨使用RNA -单细胞序列剖析了不同类型胰腺细胞的基因表达方式。
 
   研讨办法
 
   1 -资料挑选
 
   5名非糖尿病患者( nd,2名妇女,3名男人)和3名二级糖尿病患者( t2d,2名妇女,1名男人)的胰腺细胞。
 
   2 -单细胞生物
 
   液体iitm C1渠道用于别离单个细胞,然后得到1050个单个细胞,包括588 nd、390 T2 d和72个基因表达水平较低的细胞。
 
   3 -排序,建设银行年代
 
   使用clontech smart kit增加和扩展细胞破解解决计划。录制后,使用illumina next seq 500创建并排序了单个单元录制组库。
 
   4 -研讨的内容
 
   细胞检测、细胞聚类、聚合剖析、细胞特异性表达基因辨认和功用剖析、二维与nd差异比照剖析。
 
   研讨成果
 
   1 -细胞分裂
 
   删除72个基因表达水平低的细胞(其他特征标明细胞现已逝世)和978个Pearson ' s R2胰腺个别细胞。87年。如表1所示,经过删除340个标明多种符号基因的细胞和21个不标明符号基因的细胞,胰腺中的一切细胞都使用特定于每种细胞类型的符号基因进行分类。
 
   表1不同类型胰腺细胞的数量和比例
 
   2 -细胞特异性表达基因的判定和功用剖析
 
   研讨人员经过剖析细胞间的差异基因,断定了154个内源性胰腺细胞基因表达符号,其间61个β、51个α、17个δ和25个δ细胞特异性表达符号。β细胞特异性表达基因,首要富集于代谢途径,如胰岛素信号漂移和糖化途径。δ细胞特异性表达基因,包括与ⅱ型糖尿病相关的hhex转录因子,能够,读取δ细胞类型;bche基因,其编码酶能够降解乙酰胆碱和生物碱开释肽,,能够部分按捺上的内排泄信号 ,煎饼卷。此外,gamma单元、Linc arn - CNT nap 5的特定表达式和30个相关标签基因。
 
   标明细胞高表达基因δ首要参加消瘦信号通路、饥饿激素和多巴胺。。。
 
   fev、TPH 1和SLC 6a 4基因在γ细胞中的表达标明,γ细胞和5 -羟基色氨酸能量神经元在基因表达中平行,5 -羟基色氨酸能量神经元影响焦虑、心情、睡觉和充实感。图1不同细胞类型专用表达基因热图。
 
   3 - t2d与nd差异比照剖析
 
   对不同类型细胞t2d和nd差异的比较剖析标明,stx 1基因下调表达与β细胞葡萄糖诱导胰岛素排泄有关,dlk 1基因上调表达与胰岛素反抗有关,能够进入
 
   nerβ细胞功用障碍与糖尿病患者胰岛素排泄丢失,在α细胞中,cd36向上表达和gda向下表达能够削减糖尿病患者的胰岛素排泄。δ细胞PTM 4b的遗传调理功用尚未断定,需求进一步测验。图2t 2d vs nd。
 
   定论
 
   该研讨研讨了RNA -单细胞序列对不同类型胰腺细胞基因表达方式的改变
 
   断定胰腺细胞特定的不同类型的表达标签;单细胞水平的精度揭示了r。几种胰脏细胞特别是δ细胞在葡萄糖稳定性调理和功用调理过程中的重要性,这项研讨的成果为研讨第二类糖尿病的发病机制以及或许的方针和医治计划供给了新的思路。核桃来历现在以smart er为根底。
 
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